Структуру органов местного самоуправления составляют представительный орган МО МО Академическое, Глава муниципального образования и исполнительно-распорядительный орган МО МО Академическое.
Представительным органом МО МО Академическое является Муниципальный Совет, состоящий из 20 депутатов, избранных 08.09.2019 г. на 6-ой созыв. Шестой созыв депутатов Муниципального Совета отличается тем, что 2/3 депутатов избрана впервые. Высшим должностным лицом в МО МО Академическое является Глава муниципального образования, исполняющий полномочия председателя Муниципального Совета. Муниципальный Совет наделен рядом исключительных полномочий по решению вопросов местного значения.
Исполнительно-распорядительным органом МО МО Академическое является Местная Администрация, возглавляемая главой Местной Администрации. Местная Администрация Уставом МО МО Академическое наделена полномочиями по решению вопросов местного значения и полномочиями для осуществления отдельных государственных полномочий, переданных органам местного самоуправления федеральными законами и законами Санкт-Петербурга.
Муниципальный Совет решением от 20 марта 2012 года принял решение о заключении соглашения о передаче Контрольно-счетной палате Санкт-Петербурга полномочий по осуществлению внешнего муниципального финансового контроля во внутригородском муниципальном образовании Санкт-Петербурга муниципальный округ Академическое.